| Nama | : Caroline Jilbert |
| NIM | : 17/414015/TP/11957 |
| Program Studi | : S1 Teknologi Pangan dan Hasil Pertanian |
| : carolinejilbert@mail.ugm.ac.id | |
| : https://www.linkedin.com/in/caroline-jilbert-4a55b4b3/ | |
| Judul Skripsi | : Pemodelan Struktur Protease Netral (NPr) Termostabil dari Geobacillus sp. dan Analisis Penghambatan oleh Phosphoramidon |
| Deskripsi | : Protease merupakan enzim yang mampu mengkatalisis pemotongan ikatan peptida pada suatu protein menjadi asam amino dan peptida pendek. Protease digunakan dalam industri pangan untuk pengempukan daging, produksi hidrolisat protein, keju, roti, maupun bir. Geobacillus sp. yang diisolasi dari kawah Sikidang, Dieng, Jawa Tengah dapat tumbuh optimum pada suhu70°C dan diketahui memiliki aktivitas proteolitik. Penelitian sebelumnya telah dilakukan amplifikasi open reading frame (ORF) protease netral termostabil (NPr) yang berukuran 1.639 bp. Pada penelitian ini, dilakukan pemodelan struktur tiga dimensi enzim NPr dari sekuens ORF NPr Geobacillus sp. dengan metode homology modelling. Analisis penghambatan oleh phosphoramidon yang merupakan inhibitor alami protease dilakukan dengan metode Molecular Docking. Hasil homology modelling didapatkan struktur NPr yang memiliki homologi yang tinggi dengan thermolysin M04.001. Struktur tiga dimensi NPr yang dimodelkan terdiri dari domain Peptidase M4 dan Peptidase M4 C-terminal pada urutan residu ke-235 sampai ke-528. Domain ini diketahui memiliki fungsi metalloendopeptidase. Motif pengikatan ion zink pada model NPr diprediksikan sebagai motif �HELTH� dengan catalytic triad Glu139, His 142 dan His227. Hasil penambatan menujukkan adanya ikatan hidrogen terkuat sebesar 2,4 � antara oksigen double bond gugus phosphoramide pada phosphoramidon dengan residu Trp111 pada NPr. Metalloprotease mengikat ion metal seperti Zn2+ pada sisi aktif. Terdapat interaksi antara phosphoramidon dengan ion zink NPr sehingga menyebabkan penghambatan aktivitas NPr. Residu katalitik NPr His142, Glu162, dan His 227 juga dihambat oleh phosphoramidon. Dengan demikian, phosphoramidon diduga termasuk inhibitor kompetitif. Perlu dilakukan X-ray crystallography penghambatan phosphoramidon pada NPr. |