| Nama | : Shofie Nurul Azmi |
| NIM | : 19/444210/TP/12587 |
| Program Studi | : S1 Teknologi Pangan dan Hasil Pertanian |
| : azmi.shofie@mail.ugm.ac.id | |
| : https://www.linkedin.com/in/shofie-azmi/ | |
| Judul Skripsi | : Analisis Penghambatan N-Phosphoryl-L-Leucinamide pada Protease Netral (NPr) Termostabil dari Geobacillus sp. DS3 secara In Silico |
| Final Project Title | : In Silico Inhibition Analysis of N-Phosphoryl-L-Leucinamide on Thermostable Neutral Protease (NPr) from Geobacillus sp. DS3 |
| Deskripsi | : Protease adalah enzim yang dapat menghidrolisis ikatan peptida pada molekul protein. Dalam industri pangan, protease banyak berperan dalam pembuatan keju, produk susu, pengempukan daging, dan meningkatkan nilai gizi roti. Geobacillus sp. DS3 yang diisolasi dari Kawah Sikidang Dieng dapat menghasilkan enzim protease yang memiliki aktivitas optimum pada suhu 70oC dan pH 9,6. Pada penelitian sebelumnya telah dilakukan pemodelan struktur 3D protease netral (NPr) dari Geobacillus sp. DS3 dan analisis penghambatan enzim terhadap inhibitor phosphoramidon. Tujuan penelitian ini adalah melakukan analisis penghambatan oleh inhibitor N-phosphorylL-leucinamide secara in silico untuk mengetahui mekanisme dan tipe penghambatan N-phosphoryl-L-leucinamide, serta prediksi residu pada sisi aktif NPr Geobacillus sp. DS3. Bahan penelitian dipreparasi menggunakan Autodock Tools, molecular docking dilakukan menggunakan program Autodock Vina, serta divisualisasikan menggunakan Discovery Studio Visualizer dan PyMOL. His138, His142, dan Glu162 diduga merupakan zinc binding residue dari NPr. Terdapat interaksi antara ion zink pada sisi aktif NPr dengan inhibitor sehingga terjadi penghambatan aktivitas enzim. Beberapa residu katalitik seperti Glu139 dan His227, serta binding residue seperti Arg199 dan Asn108 juga dihambat oleh N-phosphoryl-L-leucinamide. Hasil analisis menunjukkan bahwa N-phosphoryl-L-leucinamide diduga merupakan inhibitor kompetitif. Akan tetapi, perlu diteliti lebih lanjut terkait penghambatan ini dengan melakukan X-ray crystallography. |